克扣事业单位人员绩效工资属于违法行为，出现这种情况，可以依法向劳动部门申请仲裁，严重的可以司法机关提起诉讼
事业单位工作人员工资由两部分组成，一是基础性岗位工资，二是绩效工资。其中，岗位工资按月实时发放，绩效工资每月从岗位工资中按比例扣除，扣除比例大约在30%，也有扣40%的，具体视单位性质而定，公益性质越强，其岗位工资占比越大，扣除比例越小。扣除的绩效工资待到年底，按照个人业绩和表现实绩进行考核，考核及格后按比例再分配，计发入个人帐户。
也就是说，事业单位工作人员的绩效工资本身就是员工收入的一部分，只不过按规定被扣除后根据业绩情况进行了再次分配，数额会有差别，但总归会按政策“返还”，单位无权随意分配，更不能克扣，否则就违反了劳动法合同法。
在我国，事业单位编制人员同样适用劳动合同法。《劳动合同法》第二条规定，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。
事业单位工作人员与单位都签定了合同，理应执行劳动合同法按规定发放绩效工资。这既是法律责任，也是事业单位岗位绩效工资制度的要求。
当然，如果每月没扣绩，另当别论。
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来源：各地高院
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