软件应在中国版权保护中心进行办理。中国版权保护中心是国家版权局认定的唯一的软件著作权登记机构，目前除北京地区设有软件著作权代办机构，其他各地都需要在中国版权保护中心进行软件著作权登记。
一、申请软件著作权在哪里申请
中国版权保护中心是国家版权局认定的唯一的软件著作权登记机构，目前除北京地区设有软件著作权代办机构，其他各地都需要在中国版权保护中心进行软件著作权登记。
根据《计算机软件著作权登记办法》第九条规定，申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：
(一)按要求填写的软件著作权登记申请表;
(二)软件的鉴别材料;
(三)相关的证明文件。
《计算机软件著作权登记办法》第五条，申请人或者申请人之一为外国人、无国籍人的，适用本办法。
第六条，国家版权局主管全国软件著作权登记管理工作。国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构。经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机构。
二、软件著作权申请作用
对于软件开发者来说，办理软件著作权登记虽然不是国家强制的政策，但是软件办理了登记，它的百利而无一害的。
1、《软件著作权登记证书》是在软件著作权发生争议时证明软件权利的最有力的证据。这不仅是在进行诉讼或在发生一般纠纷时，都能起到很好的证明作用。但如果没有进行登记，著作权人的权利就很难获得全面的保护。
2、《软件著作权登记证书》是软件著作权人进行投资和交易的重要资本和财富。而软件著作权登记证书就是知识的最后凭证。
3、《软件著作权登记证书》有时还是企业在申请高新技术企业认定时非常重要的砝码，有了软件著作权登记证书在一定程度上就能证明企业拥有核心自主，而这也是高新认定非常重要的部分。
4、《软件著作权登记证书》是企业申请软件企业必不可少的证明材料。
5、从以上3、4点可以看出，软件著作权登记证书也是企业获得国家税收减免、人才优惠等国家政策的条件。
软件著作权是在我们作者开发好一个项目时就有的，但是如果没有做软件著作权的申请，那么别人也是可以不相信此项目是你做的，所以需要作者在完成项目后向中国版权保护中心提出申请，进行软著申请，只有拥有了此证明的作者才有后续对项目产生之后进行追责等流程，维护作者利益。
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