申请商标注册侵犯了著作权，可以通过协商和解的方式解决争议，也可以通过调解的方式解决问题，还可以准备材料去仲裁机构申请仲裁，若这些方式都无法解决问题，只能去法院提起民事诉讼。
一、商标注册在先侵犯著作权怎么办?
可以通过协商和解的方式解决，申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。
商标注册在先著作权在后是有冲突的，因为著作权不可以对抗商标的在先权利，《商标法》所保护的在先权利是指在注册之前即已存在并合法有效的权利。同时，当出现不同主体在相同类似商品上同日申请相同近似商标，以及以不正当手段抢先申请注册他人使用在先并有一定影响的商标等情形时，《商标法》亦对在先使用商标提供保护，所以著作权是不可以对抗的在先权利的。
二、侵犯著作权怎么起诉的?
(1)搜集和整理相关证据材料
(2)证明涉嫌被侵犯的著作权本身成立
第一，证明原告有诉讼主体资格，著作权归属于原告。
第二，证明争议作品的存在。即原告应提供具体的作品，如书籍、录音等。
第三，证明作品享有著作权。
(3)证明行为存在以及具体的侵权方式
对被告擅自使用原告作品或邻接权客体的情况，原告要证明侵权行为是由被告实施并且在被告使用后的相关证据。
一般情况下，只要原告证明了具体侵权行为方式的存在，也就同时证明了侵权行为的存在。
(4)选择管辖法院
作为原告，选择法院的基本原则是：方便原告原则、原理被告原则、选择较大城市的原则。
(5)起诉前的措施
作为原告应考虑申请诉前禁令、证据保全、财产保全等。
(6)立案、准备开庭
(7)要求被告承担责任
原告应当提交自己因侵权所受经济损失的证据;或被告获得非法利润的证据;或许可他人使用时获得许可使用费的证据。
著作权是不可以对抗商标在先权利的，向法院起诉，首先要收集对方侵权的证据，然后书写起诉状并向法院提交起诉状和相应的证据，还要证明自己享有作品的著作权，法院受理后会通知双方开庭的时间、地点，通过庭审解决著作权侵权纠纷。
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